よりお詳しい方からの回答もあると思いますのでざっくりと。
50HKDもあれば間に合うかと思いますが、100HKDあれば絶対大丈夫かと。

ただ、現在ホテルリスボアは全面改装中で、これまでのタクシー乗り場は工事で閉鎖になっていたかと思います。
今はカジノ博物館みたいなのがあった側からの乗車になるのでは？
ちなみにホテル周りで待機しているタクシーは割と高確率でボってきますのでご注意を。

また、それくらいの時間なら無料のカジノバスが橋のイミグレまでノンストップ運行していると思いますよ。たぶん。

辺り、ということであればグランドリスボアまで行けばタクシーはあると思いますよ
2時〜4時くらいに、疲れきってカジノから出てきてタクシーを利用した記憶があります

カジノがメインでは無いように感じましたので、1泊目と2泊目をマカオ半島側、3泊目をコタイ側が良いかと思いました

半島側では、候補にあげておられるホテルの全てを利用しましたが（利用時期はまちまちです）、ホリデイインはもう利用しないと思います。私はIHGの会員グレードが割と高いのですが、それでも残念なホテルでした。ホリデイインエクスプレスの方が良いです。
候補内のロイヤルホテルは無難な感じで悪く無いですが、どこへ行くにも少し歩きますが、公園のそばで静かです。部屋によっては窓からの景色は残念な感じですが。
ハーバービューも綺麗で、アメニティはロクシタンだったりしますので快適ではあります。しかしホテル前の道路の横断がちょっと面倒だったり、そういう微妙なところが残念です。
候補外にはなりますが半島側では観光メインでカジノをなさらないようですしクラウンプラザはいかがでしょうか。
あとは、旧グランドラパホテルもお薦めです。今は名前が代わっていますが、日本人のリピーターも多いホテルです。朝食の評判が良く、またここはセラデューラというマカオ独特のデザートが美味しいと評判です。
そしてご予算が許せばアスコットホテルも良いかと。ここはホテルにカジノも無く、静かです。

コタイ側ではGALAXYという建物群の中にあるホテルも良いかと。ホテルオークラやリッツカールトン、JWマリオット、ラッフルズホテルなどの有名ホテルが名を連ねます。そしてここのプールが素晴らしいです。世界一の規模を誇る流れるプールの他、波のプールも楽しいです。ここのカジノも豪華で楽しいですよ。
そしてGALAXYの裏にはLRTの排角駅があり、それを渡ると官也街という賑やかなエリアです。徒歩圏内です。時間帯によっては東京原宿の竹下通りよりも混みますけど。
ベネチアンは、全室がスイートルーム仕様で広くて快適です。ただしコタイ地区では相当古いホテルの部類です。ですので割と安い値段で販売するようになっています。とはいえ、建物内に運河があり、室内なのにベニスの様な雰囲気を創出しています。カジノもとても広く賑わっています。

個人的な嗜好などにも左右されるので、ホテルのおすすめは難しいのですが、コタイの大きなホテルは従業員もきちんと対応してくれますので、安宿てなければ快適だとは思います。

3時間の時間つぶしは長いですね

スカイピアへは、香港に入国しない場合は、バスの発車時刻近くにならないと通してくれません。門番みたいな職員さんが居て、フェリーチケットやバスチケットを確認してから、スカイピアへ行く電車のホームに行く通路を通してくれます

椅子もそこそこありますので、運が良ければ空きスペースを見つけられます
売店というか免税店は7時ころにならないと開けてくれないのではなかったかなと思いますがちょっと記憶があやふやです。
お粥や軽食を食べさせてくれる店もありますが、これも7時ころじゃないと開かなかった気がします

3時間は長いので、入国してB4バス→大橋バスで行くのをお勧めしますが、大橋バスは無料キャンペーンの対象外なんですよね
とはいえ、スカイピアからのバスよりは全然安いですけどね

でも3時間あったらマカオに着いてますよ

ホテルから空港までは、時間にもよります。
大体20〜40分あたりかと（そこまでかからないかも）
しかしタクシーよりも地下鉄を利用してエアポートエクスプレスに乗り継ぐ方が確実では？と思いました
早いですよ

空港からB4バスは、時間帯にもよりますが15分〜30分感覚くらいの出発だったかと
乗車時間は10分に満たないですよ
5分くらいかな

港珠澳大橋からのバスが11時なら、9:00あたりにホテルを出るのが確実かと
少し早すぎるかもしれませんが、ドキドキするよりは良いかと。

あと、九龍だったかチムサーチョイだったか、そのへんからマカオへの直通バス（香港市内でいくつか止まりますけど）があったかと。
少し高いですが、楽チンですよ