マンハッタンやウィリアムズバーグであれば、それほど危険を感じることはないと思います。ただ、飲み過ぎや貴重品にはどこにいても気をつけて下さい!!
アルファベットアベニュー周辺やローアーイストサイドなどは人通りが少ない通りもあるので、心配であれば、ミッドタウンやウェストビレッジなどの賑やかな場所にあるバー、またはホテルの中に入っているバーに行かれてはいかがでしょうか。
ルーフトップバーなども、景色が良くオススメです!!

ダウンジャケットをオススメします!!
特に風が強い日などは、寒いです。
寒いと楽しいはずの観光も、辛くなってしまうので、暖かくしてお越しください。
手ぶくろ、耳あてや帽子も、寒い日には必需品です!!

ただ、来週のニューヨークは暖かい日は最高11℃ほどあります。それくらいだと、コートでも大丈夫かもしれません(朝晩は冷えます)。日本を出る前に天気予報をチェックしてみてください。

良い旅になりますように♩

Yellow Cabがいいかと思います。大きいサイズのYellow cabにすれば、トランク４つ、乗ると思います。空港からはタクシー乗り場があるので、そこで荷物が４つ乗る大きいタクシーを頼めば、乗せてくれると思います。
マンハッタンからは、つかまらないようでしたら、uberをお勧めします!!

または、空港バスや、シェアーの空港シャトルもありますが、4人で乗られるのであれば料金は少ししか変わらないのではないかと思います。

①エンパイアステートビルからの夜景は深夜0時過ぎでも綺麗に見えるのでしょうか？
綺麗に見えます！ただ、これからの季節は上に登ると、とくに夜は寒いので、防寒グッツを持って行く事をおすすめします。

②リバティ島行きのフェリーチケットは当日でも買えるでしょうか？
当日でも買えますが、売り切れる事が多いのと、すごくすごく混みます。朝オープン前から並ぶか、事前購入をおすすめします。

③ペンシルバニア駅近くでAM7:00くらいから朝食取れる店はありますか？
Best Bagel and Coffee (225 W 35th St)←オススメ！！
Pret A Manger (1 Penn Plz)
A&H Deli(431 7th Ave)
その他ベーカリーなど色々あります。

④JFKから国内線に乗る予定ですが、よく2時間前とか言いますが、実際はどれくらい前までに搭乗手続きすればいいでしょうか？日本で国内線に乗る時はいつも1時間前位です。
１時間半前〜２時間前に着いていれば大丈夫だと思います。ただ、JFKまで行く道が渋滞していたり、電車が遅れたり、止まったり、という事が多いので、２時間半前に着くくらいの余裕を持って出る事をオススメします。（車は週末は比較的空いています。電車は週末本数が減ったり、動いていない線があったりします。平日の朝夕はとても混みます。平日の朝夕は本数が多いです）

キーホルダーやI♡NYグッツを買うなら、チャイナタウンがおすすめです。タイムズスクエアーより安く購入できます。
食べ物でしたら、ホールフーズやトレイダージョーズでオーガニックの紅茶やコーヒーが売っています。グラノーラは日本に比べ、値段が安く種類が豊富です。
また、エコバック、ティータオルはかさばらず、軽いのでおすすめです。

男性の方ですか女性の方ですか？
それによって行くお店は異なると思うので、教えていただけますと、お土産もお買い物をするお店も詳しくお伝え出来るかと思います。

地図はgoogle map、情報はガイドブックからと、してる方が多いように思います。なので、カフェなどで、ガイドブックを読んでる人をよく見かけます。ガイドブックの地図をクルクル回してる姿はあまり見かけなくなりました。