Grabの配車予約しても良いかと思います。
朝早いと捕まらない事が多いです。もしくは、滞在中に良さそうなドライバーと交渉して帰国の送迎をお願いする方が確実だと思います。他には、レンタカー屋には、ドライバー付きって言うのが、フィリピンでは、主流なので、送迎依頼もやっています。ASレンタカー、マンゾクレンタカーなら日本人経営で安心して予約できるかと思います。

ボホール島に到着しますと
観光ガイドやら観光タクシーが
沢山、待機しています。
日本語の話せるガイドも居ますので、帰りの時刻と4, 5箇所くらいをまわるルートでお願いするとターシャやらケーブ(上から覗くとハート形とか中は光が差し込んで煌めく洞窟)、絶景観光、など連れて行ってくれます。参考にして下さいませ

空港から直接、MEPZ1(特別貿易工業地区)に行かれるならタクシーがお薦めです。ただし、入場許可を持っていないと思いますので、運転手に待っていて貰わないと出られませんので、ご注意を！
それ以外にも有りますから
タクシードライバーに
『I'll go to PNB in lapulapu. Do you know the pnb near here?』(この近くのPNBを知ってますか？)と伝えて行って貰うと良いと思います。