日にちにもよりますが、バスの始発は10:35着、鉄道だと10:42着です。鉄道の方がいいと思います。どちらも鉄道の中央駅に着きます。中央駅発11:00の空港連絡バス（Airport Express）に乗ると、空港に11:32着です。空港連絡バスは30分毎の運転です。
バスも鉄道も、15分くらいの遅れはよくあります。仮に1時間遅れても、飛行機にはぎりぎり乗れそうですから、よほど運が悪くなければ大丈夫だと思いますが、ウィーン中央駅22:10発、プラハ中央駅6:04着の夜行列車があり、私ならこれを利用します。