ご回答が遅くなってしまいすみません。
またご連絡ありがとうございます。
確かにボラリスは遅延等イレギュラーが発生しやすいです。ただ先日知人が利用した際は特に遅延等問題なくフライトできたと聞きます。（その時は死者の日前後でしたので、混む時期でした。）

料金面では、今のところ、メキシコシティ経由と、直行便で差はほとんどないようです。（スカイスキャナーベース）
時間は、直行便2時間に対して、乗り換えだと4時間〜かかります。
その他、大きな荷物があると預け入れをする必要がありますが、メキシコは想像以上にスペイン語しか通用しないため、言葉に不安があられる場合、乗り継ぎの場合、荷物の管理が大変ではないかと思料します。

これらを勘案してご検討されてはいかがでしょうか？
また航空券は日本からでも予約はできるかと思います。（以前、メキシコシティ→グァナファト便をスカイスキャナー経由で予約した際、ボラリスのサイトに飛ばされましたが予約はできました。）

こちらでご参考となればと思います。
もし他に現地の内容でご不安があられましたらご連絡いただければ、カンクンにも知人がおりますので、アドバイスさせていただけるかもしれません。