1日目　
AM　アンコールトム(バイヨン・ピミアナカス・ライ王のテラス等)・タプロム
PM　アンコールワット・プレループ(プノンバケン)からの夕日

2日目
AM　バンテアイスレイ
PM　大回りコース（プリアカーン・ニャックポアン等）

遺跡がお好きであれば、上記のようなルートで良いかと思います。
ただ、上記だと遺跡入場券3日券(62ドル)かかってしまいますので、
2日目をベンメリア遺跡（一説にはラピュタのモデルとも言われる）など入場券が安い場所にして
少し費用を抑える方法もありかと思います。

少し郊外になりますが、Preah Vihear (プレアビヒア)遺跡が非常にお勧めです。
カンボジアとタイの国境に位置する山の頂上にあり、断崖から見下ろす景色は絶景です。
また、Preah Vihear遺跡に行く途中に立ち寄ることが出来るKor Ker(コーケー)遺跡群もお勧めです。
アンコール遺跡群の中では珍しいピラミッド型をしており、その遺跡の一番上からの景色もジャングルが一望出来ますのでとても綺麗です。

上記両方とも日帰りで可能ですが、丸々１日かかってしまうので中々行けない方も多いですが、
時間があるのであれば是非行って頂きたいスポットです。

カンボジアでは、外国人及びライセンスを持っていない人がガイドをすることが出来ません。
また、アンコール遺跡群では、カンボジア人のガイドさんをつけることをお勧めします。
こちらのガイドさんは日本でいう国家公務員のようなものであり、
試験に通らないとガイドにはなれないシステムとなっております。
そのため、非常に知識が豊富で説明も分かりやすいガイドさんがほとんどです。
アンコール遺跡群は、バンコク近郊にあるアユタヤ遺跡のようにたくさんの遺跡があるため、
ガイドさんに説明してもらい、その時代背景が分かればもっと楽しく見ることが出来ます。

ビザに関しては、多くの日本人の方が空港で取得をされておりますし、
全く難しくありませんので到着後に取られた方が簡単です。
4×6の写真と30ドル(USドルのみ)、あとは機内もしくは空港で手に入る申請書があれば
申請が可能です。

時間が経ってしまっているため、現時点での情報として記載します。
女性二人だけでも、特に問題はないかと思います。
しかし、アンコール遺跡群などは、細かい時代背景などを聞いたほうが楽しめるかと思いますので、ガイドさんをつけることをお勧めします。