＞瑞芳駅では、一旦改札を抜けなくても大丈夫でしょうか？その場合、車内で駅員さんにカードを渡せばよいのでしょうか？

日本のSuicaやICOCAのように、入る時と出る時にカードをかざすといいです。
また、もし電車の中で検札がある場合も、「ゆうゆうカード」を見せたら、「カードで乗ってる」ことを分かってくださると思います。