私のおすすめは朝一番の移動です。
ローマのシスティーナ礼拝堂やフィレンツェのウフィツィ美術館、アカデミア美術館は朝一番で並ばないと待ち時間がとても長いので、朝一番に行く必要がありますが、その他の教会やお店は１０時や１１時からでも十分に巡れます。
ベネチアーフィレンツェは２時間程度、フィレンツェーローマは１時間半で行けますので、朝出れば一日を充実して過ごすことができるかと思います。

ただし、冬時期はベネチアはとても寒く、アクアアルタ(水位上昇)もあって小船での移動も夜は何かと不便なので、ベネチアーフィレンツェはベネチアで夜を過ごすよりもお昼過ぎに出て夜をフィレンツェで過ごすのがおすすめです。
フィレンツェは私一人が深夜に歩いても不安のないくらい治安もいいですし、夜のイルミネーションもきれいです。