こんにちは、ニースやトゥールーズはどうでしょうか。フランスの中では人口が五番目と四番目の市であり街並みも綺麗です。トゥールーズは人口規模の割に家賃も安いそうです。治安は両方ともフランスなので日本よりは悪いですが他の大都市よりは良いようです。
ちなみに、エクスも治安は良いようですが金持ちの街という印象があります。また、マルセイユは治安の悪さ、汚さ、食べ物のおいしさ、人の社交的な性格からよくナポリや大阪に似ていると言われます。

こんにちは、1についてはどちらの日も市場は空いていますので食事は可能です。

2については、地下鉄コードゥリエ駅(Cordeliers)から徒歩５分の場所にあるLe Mercièreという場所がお勧めです。月曜は閉まっているレストランが多いですがここは日曜と月曜ともに空いています。

また、ホテルについてですが、位置がわからないのでなんとも言えません。とりあえず郊外にある空港からローヌエクスプレス(Rhônexpress)という電車に乗ってリヨン市内のパールデュー駅(Part-Dieu)まで行かれてからタクシー、地下鉄、トラムまたはバスでホテルに向かわれるのが良いと思います。タクシーは安全である一方、時間がかかったりこなかったりするので個人的には公共交通の方がかえって無難かと思います。

こんにちは、だいたい4時間前後で直通で行けるようです。フランスのメトロ、トラム以外の電車を使うのであればSNCF（フランス版JR）のアプリをダウンロードし個人情報を登録してそこで調べてみられるのが良いかと思います。個人的に今ネットが悪くて調べられず申し訳ないです。
良いご旅行を。

こんにちは、リヨンならパリからTGVで2時間ほどの場所にあり、価格が低めにもかかわらず質の良いレストランが多いです。歴史地区や隠し通路もあり観光にはいいと思います。お子様とご一緒であればテット・ドール公園内の無料動物園などはどうでしょうか。
補足ですが、私はリヨンでプライベートガイドをしているのでご予約いただけると嬉しいです。良いご旅行を！

こんにちは、パリと南フランスでは南フランスの方が少し暖かくなります。パリではおそらく長袖一枚か二枚、寒さが苦手なのであればジャケット一枚あれば十分だと思います。日本の11月といった感じだと思います。
一方南フランスであれば、Tシャツ一枚か二枚ほどでいいと思います。数年前に9月下旬にニースに行きましたが、夜海で泳ぐ人もいるといったような気温でした。
ご参考までに。良い旅を。

こんにちは。バスはおそらくグルノーブルで乗り換えになるので遠回りになるかと思います。
Google Mapによると電車が早いようです。その場合リヨンのPart Dieu（パールデュー）駅、すなわち新幹線（TGV)がとまる駅からBourgoin-Jallieu（ブルゴワンジャリウ）までTER電車で行き、そこからT31バスに乗り換えPlace Hector Berlioz（プラースエクトールベルリオズ）まで行くとのことです。2時間ほどかかるようです。

良いご旅行を。

こんにちは。うどんや蕎麦の麺、醤油、わさびなどでしたら普通のスーパーにも売っています。YouTubeでもキッコーマンのCMがあるくらいです。ただお酒、昆布、鰹節などは日本/アジア食品店などに行かないとなかなかありません。ランスであればアジア食品店は複数あるので特に不便は無さそうに思えます。
持っていくべきものとしましては、下痢止めなどのお薬をお勧めします。硬水や環境の違いで最初は体調を崩す人が多いようです。