こんばんは。いや使えないと思います。バリ島は使えるんでしょうかね？

バリ島のようなレンタルバイクは需要がないのでありません。ローカルは個人間で貸し借りしますが、インドネシアに慣れていてインドネシア語で問題なくコミュニケーションできるという方でない限り、旅行でマナドに来て個人からのレンタルは止めた方が無難です。

そもそもインドネシアはジュネーブ条約に加盟してないので日本の国際免許は使えないのでは？バリ島はOKなんですか？バリ島とその他の州ではルールが違う場合もあるので、しっかり確認した方が良いと思います。

ライオンエア公式サイトはインドネシア国外発行のクレカは使えなかった記憶があります。
Traveloka（トラベロカ）なら日本のクレカも使えますよ。
https://www.traveloka.com/en/
決済後すぐEチケットがメールで送られてきます。