初めまして、クアラルンプール在住の者です。
個人的には日帰りですと、マラッカが良いと思います。クアラルンプール中心部から車で２時間ほどですので、移動の疲れを軽減し、現地で見て回る体力を温存できるかと。マラッカは、都心部に比べるとさらに南国感、リゾート感が強く、中国、ヨーロッパの文化が混ざり合った異国情緒のある場所で素敵です。
ペナン島はゆっくり宿泊前提で改めて行かれることをオススメします。

あの記事に対し、ひとつだけあえて触れられていないポイントがあります。
三階まで、でレポートが終わっている事です。四階のレストランフロア。ここは、平日のランチから人でいっぱいです。土日は列ができます。この館の売り上げのバランスとして、二階のある特定のファッションブランドと、レストランので保たれていると思われます。たまたま一週間ほど滞在し、四日間みただけだと、あのような記事になるんでしょうね。ちなみに、あそこにくるローカルは富裕層なので、日本の高い果物は人気ですよ。日本酒の獺祭なんかも箱買いされてるのを見ました。あと、現地にいる日本人はなんだかんだで、結局ジャパンストアで休日顔を合わせる、と行った感じです。
レストランのレベルがやはり高いからです。ローカルが適当にやっている日本食とは比べ物にならない。サービスも日本レベルです。あの記事の内容は、ダメなところをひたすらつついただけであって、成功している部分や、可能性のある部分にはまったく触れていないので、私は大変違和感を感じました。実際、なくなると厳しい、と私は感じます。