初めまして。

私は駐在1年目なのでご期待に沿える回答ができるかわかりませんが、下記に回答します。

日本からはフランクフルト或いはミュンヘンへ移動でしょうか。6日間が日本⇔ドイツ往復を含むとしてもドイツ北部だけであれば大丈夫だと思います。

キール・ブレーメン共にハンブルクからは電車移動になります。Google mapで検索すると経路が出てきますが、ハンブルク中央駅からラーボエまで2時間半、ヴィルヘルム バウアーまでは2時間になりますので朝出発→夜戻りという日程はたてられると思います。

両方ともハンブルク中央駅が起点になると思いますので、日帰りであれば中央駅近辺に宿泊されるのが良いでしょう。ハンブルク空港から中央駅まではSバーンという電車で移動可能で、ハンブルク中心部は同一料金です。

ブレーメン　ヴィルヘルム バウアー潜水艦博物館 はブレーメン中央駅から更に1時間かかります。ブレーメン中央駅近辺は観光にお勧めです。教会や市庁舎はハンブルクよりヨーロッパっぽいですよ。

ハンブルク国際海事博物館へはバスで移動する事になると思います。中央駅で1日券 (9 am Day Ticket / 9 Uhr Tageskarte)を買っておけば、その日は何回でも乗車できます。
http://europe-train-travel-lab.jp/www/portfolio/europe/germany/city-train/hamburg/hvv.html

切符を見せる事はほぼないですが、たまたま見つかった場合は罰金が高額なので、朝買っておくことをお勧めします。キールやブレーメンは市内エリアチケット外になるので、都度窓口購入になります。

3月はまだまだ寒いので、暖かい仕度をお勧めします。