通常の国際線フライトになりますので、日本から海外に出発するのと同様でチェクイン、出国手続き等があります。余裕を持って3時間前、ギリギリで2時間前くらいが限度ではないでしょうか。16時にはチェクインカウンターへ並んでおくのがベターだと思います。

8月はカラッと晴れた日が多くプラハに行くなら最高の日程だと思います！是非楽しんで下さい！！

プラハの旧市街地と新市街地どちらにもH&Mがございます。店舗もいくつかありますので、参考にしてみてください。あと化粧品等は市内に何店舗かあるdm-drogerie marktというドラッグストアで購入出来ます。
私もチェコではありませんが、他国でロストバゲージ経験ありです。大変だとは思いますが、楽しんだ者勝ちの精神で、トラブルを忘れるくらい楽しめる事をお祈りします。

プラハの夜景について
カレル橋や旧市街広場などは徒歩で行ける距離だと思いますが、プラハ城などは徒歩だと厳しいと考えられます。個人的には夜のプラハ城もおすすめです。その為、トラムや地下鉄の使用をお勧めします。トラムや地下鉄両方で使える数日間乗り放題チケットもあるので、滞在日数を考慮の上参考にしてみて下さい。
これらは24時間動いています。グーグルマップを使用するとどのトラムや地下鉄に乗るか教えてくれるので、利用してみて下さい。
ナイトツアー等は利用した事が無いので、お答え出来ません。申し訳ありません。
３日目午前中の観光について
もし３日目が土曜日であるなら、Farmer´s Market Naplavkaがおすすめです。もし他の曜日であっても、プラハでは様々な規模の朝市やファーマーズマーケットが開催されているので、調べてみて行くのも良いのではないかと思います。

3人でしたらuberの利用が良いと思います。約1500円から3000円以内で市内まで行けます。(uberはラッシュアワー時値段が変動するため、高くても3000円くらいだと思います)
タクシーよりuberを勧める理由は、安くい、アプリによって行き先を伝える為チェコ語を話す必要がない、ぼったくりが無いなどが挙げられます。是非参考にしてみて下さい。

Q５つ星ホテルで、レストランやカフェが3つ以上あり、朝食がおいしいと評判のおすすめホテルはありますか？
A
Boscolo Prague Autograph Collection、こちらのホテルに滞在した事はありませんが、ホームページを確認したところ複数のバー、カフェ、ラウンジがあるようです。
私が今まで滞在した事のある五つ星ホテルは
Art Deco Imperial Hotel
COSMOPOLITAN HOTEL
上記の二件になります。これらのホテルはカフェやバーが３つ以上ではありませんが、どちらもレストランがヨーロッパの有名シェフによって監修されており、朝食が最高でした。パンやバターでさえこだわっており日本では味わえない品質だと思います。私がこれら２つの五つ星ホテルに滞在を決めた際参考にした海外の口コミサイトでも朝食の評価が高かったです。そしてその期待を裏切られる事はありませんでした！
個人的に1番好きなホテルはUnitas Hotelです。こちらは四つ星で、こじんまりとしたホテルですが、朝食からワインやシャンパンを楽しむ事が出来ます。ブッフェスタイルのメニューも美味しく、注文するとガレット、オムレツ、クレープなど高い品質の料理が味わう事が出来ます！小規模経営のおかげか融通の利くホテルであり、プラハの良さを最も感じられるホテルだと思います。

Qカレル橋近辺が良い、というのを聞きましたが、川の東と西では各々どういう良いところ・悪いところがあるのでしょうか？
A ホテル選びという意味でしたらカレル橋近辺はおすすめ出来ません。カレル橋はプラハで最も観光客を集めるスポットとなっていて非常に混雑しているためです。ハイシーズンのカレル橋の混雑度合いは日本の通勤電車や竹下通りをイメージして頂けると分かりやすいと思います。五つ星ホテルの殆どはこのような有名観光地のすぐ近くにはなく、少しだけ離れた場所にあると思います。
レストランやビアホールに関してもカレル橋近辺より新市街や旧市街に名店は多いと思います。ただ、カレル橋越しに見るプラハ城は格別です。
川の東と西について、プラハには新市街地と旧市街地という２つの観光地として栄えている街があります。両方とも川の東側にあります。ホテルはこれらのエリアに多いです。ビール醸造所を持つレストランもあります。そのため川の東では観劇、食事や買い物等がしやすいです。川の西側にはプラハ城やレノンの壁のような観光的な見所があり、他にも閑静な住宅街や美しい自然を感じる事が出来ます。あとプラハ城に向かって傾斜になっており、石畳でもありますので、歩くと疲れますので注意が必要です。
是非チェコの旅をお楽しみ下さい！