エミパレはホテルのHPから予約可能です。（英語かアラビア語です）
https://www.kempinski.com/en/abudhabi/emirates-palace/dining/bars/le-cafe/
モスクは正直ガイドはいらないかなーという気はしますが、歴史とか興味があるなら申し込んでもいいかもです。
ちなみに、グランドモスクは空港近くですがエミパレは街中なので少し距離があります。タクシーでグランドモスク→エミパレ→空港で回るのが1番時間のロスが少ないと思います。
同行はちょっと難しいのですが、タクシーも多いルートなので大丈夫ですよ^ ^アブダビを楽しんでください！

エティハド航空の場合、日本からだと到着時間が夜中12〜1時ぐらいになるため、どこかホテルを押さえて仮眠するか8時間ぐらいなら空港で休むか（治安はいいし明るいですが何もありません）ぐらいしかできないかもです。帰りはアブダビ夜発だと思うので、空港に近めならグランドモスクへ行ってエミレーツパレスでお茶（要予約）か、まだまだ外は暑いのでルーヴルアブダビがおすすめです。