ミッフィーの街ユトレヒトをミッフィーメインで観光したら一日で足りますか？

足りると思います！ミッフィーミュージアム以外はドム塔くらいしかメインなものはないので（もちろんマニアックなものはあります）、ユトレヒト市街という意味でしたら1日で行けると思います！

グッズはユトレヒトでしか売ってないものもありますか？

ミッフィー関係でしょうか？基本的にユトレヒトしか売っていないものはユトレヒトと書いてあるTシャツくらいですかね笑

観光地はみなさん自転車でまわる人が多いのでしょうか？

自転車を借りることができるので、それで回る方はいます！
でも歩いたり、公共交通機関を使って移動する人も普通にたくさんいます！

宿泊先は今回の旅行はホームステイなど、現地に住んでる方の家に宿泊できたらいいな、と思って探しているのですが、なかなか見つかりません。あまりシェアハウスやホームステイはないのでしょうか？？
そんなことはないです！ただ日程が合わないと難しいかもしれません。

あと、もしみんなが知らない、こんなとこにミッフィーがいるよ、などあれば写真を撮りに行きたいです！もう20年以上好きで、やっとオランダに行けることになって、本当に楽しみです！

ミッフィーの信号とかはオランダ人でも気づかない人は多い印象ですね笑

3日間あるので、ユトレヒト以外にアムステルダム、マーストリヒトにも行ってみたいのですが調べたらマーストリヒト遠いのかな、と思いました。ブリュッセルに電車で行く前に寄ってから行こうかと思いますが、マーストリヒトの街を大きなスーツケースを持って歩きまわるのはやはり大変そうでしょうか？もしくは荷物預かり所などってありますか？

荷物預かり所はわかりませんが、マーストリヒトは古い街並みで地面がデコボコなので、スーツケースは不便かもです、、、

オランダ在住の者です。あまりフラワーアレンジなどには詳しくはないですが、オランダ語でbloemschikkenと呼ばれてるので、それで検索すると良いかもしれません。bloemschikken cursusはフラワーアレンジのワークショップの事を指すので、参考になれば幸いです。
インターンをお探しならbloemist stage で調べられると思います。