もうお調べになったかもしれませんが。。。今質問を見ましたので、回答しますね。
１．サンモリッツ→チューリヒ間は、予約なしで、スイストラベルパスのみで乗車できます。
はい、バーゼル→フランクフルト間の切符を別途購入すればOKです。
ただ、ドイツ国内でICEを利用すると、乗車券以外に追加料金が必要になると思います。必要な場合は検札の際に払うように言われるので、その時に払えばOKです。乗車券を購入する際に窓口でも追加料金（サプルメント）支払いが出来ます。
２．スイス国内は、ICEも座席指定券なしで乗車してOKです。お持ちのクラスの空いてる席に座ってください。予約席には、予約がある旨、座席の上に表示が有ります。スイス国内のみなら、予約は不要ですが、ドイツ国内は予約をした方が良い（多くの人が予約をしている）ので、乗車券を購入の際に座席予約をすると良いと思います。座席予約をすると、追加料金もその時一緒に払えますし、便利です。
３．それでOKです。

スイストラベルパスをお持ちの場合、インターラーケンオスト～グリンデルワルト、または、インターラーケンオスト～ヴェンゲン間は、切符が不要となるため、サイトではスイストラベルパスが出ないのだと思います。予約が出来るのは、クライネシャイデック～ユングフラウヨッホ間のみなので、もし予約を事前にされたいのであれば、クライネシャイデック～ユングフラウヨッホ間のみ、予約＋切符を購入すれば良いです。
そして、当日、ルートを決めたら、グリンデルワルト～クライネシャイデック（往復）、または、ヴェンゲン～クライネシャイデック（往復）、または、ヴェンゲン～クライネシャイデック～グリンデルワルト（又は逆ルート）の切符をスイストラベルパスを見せて購入すればOKです。クライネシャイデックまでの切符は売り切れる事はありませんので、当日購入でも大丈夫です。勿論前日に購入することもできますし、別途、インターネットで購入も可能です。