このアプリ自体まだ使いこなせておらず、回答が遅くなりまして、申し訳ございません。
既にもう遅いかと思いますが、最新の情報としまして、回答させていただきます。

結論から申しますと、現在日本からマレーシアへの入国にはMy Sejahteraのダウンロード含めて
いっさい必要ございません。
当然ですが、パスポート及び帰国の際のエアーチケットは必要となります。（帰国のチケットがない場合は、3ヶ月以内に第3カ国への出国チケットの提示が必要となります）