ミラメサに１０年位住んでいますが、住み心地はいいですよ。
ギャングはいるのかもしれませんが見たことがないです。
日本人もそこそこいらして、現地校で同じクラスになった子で日本語しゃべる子もいました。駐在の子というより、永住で片親が日本人という方が多いですが。
おっしゃる通りカーメルバレー方が海に近いので家の価格は高いですが、その価値があるかは個人の価値観によるかなと。
日本人に人気というか、日系スーパーなどが固まっているエリアはあります。ググると大体のエリアが分かると思います。よく行くならその近くに住むのも便利だと思いますが、その辺りに住んでいるという人は私の知り合いではいないので、住み心地がいいのかはよくわかりません。
沢山の日本人に会いましたが、住んでいる場所はかなり様々です。
みなさんお仕事の場所や、ライフスタイルや好み(郊外がいいとか、都会がいいとか、海沿いがいいとか)に合わせて選んでいるという感じがします。

私の通っているジムでは、デイリー、1週間のパスなどいろいろあります。免許証が地元の住所であれば無料で数日試すことができます。他のジムも通ったことがありますが、だいたい同じ感じでした。通いたいジムに問い合わせてみるのが確実だと思います。

サンディエゴに何社かあるので可能ですよ。
プランや場所もいくつかあるのでご希望に沿うものがあると思います。

公共の交通機関を使う場合、サンディエゴからだとダウンタウンのサンタフェ駅かオールドタウン駅からサーフライナーかアムトラックというＬＡ行きの列車で３時間ぐらいでＬＡのセントラル駅に着きます

到着したセントラル駅の地下から地下鉄に乗ってユニバーサルシティまで行けます、１時間くらいです。

他にもバスもあったりしますが乗り場が治安が悪かったりするので、これが一番簡単で安全な行き方です。

待ち時間や徒歩も入れると合計で移動に五時間くらいかかります。

少しお金がかかっても移動時間を短縮したいならLyftなどを利用するか、ロコでも引き受けてくれる人もいると思います。私も何度か送迎したことがありますが、渋滞がなければ二時間ちょっとで着きます。

ホテルは翌日観光したいところの近くでいいのではないでしょうか。観光地であればホテル探しに困ることはないと思います。

Old Town 周辺はどうですか？
Old Town State Historic Park周辺はメキシコの異文化について学べたり無料＆有料のMuseumもたくさんありますし、地元の人も購入するメキシカンな商品を扱っているお店もたくさんあります。またレストランも豊富です。
トロリーの駅からも近いので、ビーチやモールやダウンタウン方面に行くのにもバスや電車が出ており便利だと思います。

ダウンタウンから徒歩圏内だとこちらの３つがお勧めです。

Cocina 35 – 少しダウンタウンの北のはずれになりますが(徒歩圏内です)、ダウンタウン中心部のお店に比べると観光地化していないため本当のメキシカンを食べたいならお勧め。本場の味がします。カウンターでオーダーして支払いをする形式のカジュアルなレストランなので、一人でも全然問題ないです。1435 6th Ave San Diego CA 92101

Old Gallery Coffee House – こちらはアメリカンなものもありますが、チラキレス等のメキシカンもありおいしいです。こちらもカウンターオーダー式です。641 B St San Diego CA 92101

La Puerta – ダウンタウンの中心部にあります。雰囲気のあるお店ですが、カウンター席もあるのでひとりならそちらをお勧め。560 4th Ave San Diego CA 92101

ホテルではなくコンドミニアムやアパート、シェアハウスを希望されている理由はありますでしょうか？

理由が値段ということであれば、アメリカのホテルは基本的には人数にかかわらず一部屋いくらの設定になりますので、ホテルの方が安く済むことも多いと思います。例えば日本人の経営している短期滞在用のホテルスタジオ 819では一部屋4名まで泊れてWeekly のレートもあるので1週間4名$900位でとまれます。こういったエコノミーから中級のホテルには部屋に冷蔵庫や電子レンジもついているので簡単な食事もできて安上がりになると思います。交通の便のいいところにもこういったホテルはたくさんあります。

住むように旅行したいというのが理由であれば、キッチンやリビング付きのホテルはどうでしょうか。例えば、ダウンタウンにあるMarriot Residence Innはどうでしょうか。キッチンや冷蔵庫、食器類、リビングルームもありますので、コンドミニアムやアパートやシェアハウスと同じようなイメージで過ごせるのではないでしょうか。時期にもよりますが、一泊＄２００前後のようなので一人当たり＄７０位になると思います。ダウンタウンなのでバスや電車も通っており便利だと思います。

似たようなところはたくさんありますので、いろいろ見てみて場所や値段や重視するものを比べてご自身の希望に合うところにするのが良いと思います。

サンディエゴ空港には仮眠室はありません。ラウンジは４か所あります(Delta, United, Airspace, USO (Militaryの家族用))。シャワーがあるところもありますが、個別のベッド付きの部屋やベッドはないです。
私が思うのは、飛行機の到着が正午ごろの場合、税関の手続き、入国審査、空港からホテルに移動すると午後２時ごろになってしまうのではと思います。その時間になればEarly Check Inさせてくれる可能性が大きいと思います。
もしできない場合はホテルのロビーがゆっくりできる感じであればそこでくつろぐという方法もあります。プールがあるようなホテルであれば、プールサイドの横になれるBeach Lounge Chair/ Bedでくつろぐという方法もあります。
もしそれが難しい場合は、ホテルに荷物を預けてスパに行くのはどうでしょうか。個別の仮眠室はありませんが、日本の健康ランドのような感じで、入場料だけ払って、お風呂屋サウナに入ったり雑魚寝して時間をつぶせるスパもあります。

留学されているのであれば、学校のアドバイザーに聞いてみるのはどうですか。また学校や日経スーパー等の掲示板などを見てみるのもいいと思います。
私の経験上ですが、日本人に興味があるネイティブの人との交流となるとかなり選択肢が狭まるので、限定しなくてもいいと思います。趣味や興味があることがあれば、そういうグループに参加するほうが会話のネタに困らず逆に自然に話が盛り上がって友達もできやすいともいます。

車で移動されるのであれば、Hotel Circleあたりのホテルがどこからも近く便利だと思います。
徒歩、電車、バスで移動であればダウンタウンのホテルが便利だと思います。
レゴランドにはどちらでもいけると思います。ダウンタウンからは距離が遠いので、Taxiだとかなりのお値段するので、レンタカーを借りるのと値段的には変わらないかもしれません。荷物や、便利さを考えるとレンタカーのほうがいいかもしれません。運転のほうが心配ということであればタクシーのほうがいいですね。
その日の天候にもよると思いますが、Water Parkで遊ぶには十分な暑さだと思います。