同じ地上階での移動ですが、1〜32番線まであり、場所によっては地下鉄一駅分くらいの距離を歩く事になります。
また、ドイツの鉄道は残念ながら遅延がとても多いです。購入しているチケットの種類によっては同じ方面行きの別の電車を利用できますが、そちらは乗車賃のみになりますので、指定席を取っていた分は、電車遅延が理由の場合にはカスタマーセンターで払い戻し手続きをする事になり、また、新しい電車の分の指定席は改めて買い直す必要があります。

おっしゃる通り、ミュンヘン➖️ザルツブルク間のローカル電車は座席指定ができません。ですので来た電車に乗る事になり、座席は早いものがちになります。
中央駅(Hauptbahnhof)、ザルツブルク駅どちらも、始発なので十分な時間の余裕を持って行くと座れるかと思います。ミュンヘンの出発するプラットホームがかなり外れの方で地下鉄一駅分くらい歩くので早めに向かうことをオススメします。車内での飲食販売もない事が多いので乗車前に購入するといいと思います。

ドイツ鉄道ホームページによると、１年間の時刻表が、毎年12月半ばから翌年12月半までで決定されるようで、現時点で12月末の正確な運行情報は確定していないようです。が、ローテンブルクの駅に行くには一度Steinachで乗換えが必要なようです。多少の遅延であれば乗換えを待ってくれることもありますが、冬は雪などの天候の影響と、クリスマス休暇中は仕事を休む人が多い事から、遅延が起る可能性は比較的高いと思います。何時間くはい遅れるか、については、ケースバイケースなのでなんとも言えませんが。また同じ理由から、エレベーターやエスカレーターがあっても故障で動かないこともありますし、電車乗口も急な階段な事もあるので荷物を減らせるなら減らした方が移動はしやすいかと思います。ただ、女性が階段などで大きい荷物を持っていると、手伝って貰えることも多いです。
フランクフルト空港への移動ですが、朝イチで出れば余裕で行けそうに見えますが、年末年始の公共交通機関は本当に信用ならないので、私なら前日のうちに移動します。あくまで私見ですが、参考になりましたら幸いです。
余談ですが、多くのクリスマスマルクトは12/25までですが、稀に1/6までやっている所があります。(ミュンヘンならCosimabadなど)もし興味があれば足を伸ばしてみてください。グリューワインというこの時期ならではの飲み物がありますよ。
ドイツ滞在を楽しんでくださいね！

空港からS8に乗って、Ostbahnhof(Munich East)まで行き、そこの駅を南口側(栄えていない側、プラットホームの番線が増えて行く方)から出て、バス190番のMessestadt Ost行きに乗り14駅目(16分)で、Rennbahnstraße(レンバーン通り)で下車するとそこから徒歩６分(450m)です。

一人でも気軽に入るならビアガーデンがおすすめです。街中だと、アウグスティーナーケラーとか。
https://maps.app.goo.gl/VqTqa2vDZV1ytcgT9
レストランなら、個人的にビール醸造している修道院が経営するアンデックスが美味しいです。
https://maps.app.goo.gl/DmCw2qRG5JC4MBqf7
白ソーセージは基本朝食に食べるものなので12時までしか注文できない場合が多いです。ドイツ系のカフェやレストランなら朝食に注文できると思います。