こんにちは！

マンハッタンからJFK移動の場合、LyftやUberをおすすめします。私自身、予め料金が確定しているUber等が安心でイエローキャブを使った事はないです。
ご参考までに、4月の夜19時にマンハッタン（アッパーウェスト）→JFKまでUberを利用した時の事情を共有します。雷予報が出ていたのでタクシーが捕まらなかったり渋滞を懸念して、前日に８０ドル料金で予約しました。結果、（雷雨にはならず）50分弱で到着しました。タクシー運転手の方に聞いた限り、どんなに渋滞していても１時間半を超えることは稀とのことでした。
ちなみに、タクシー料金は何回か検索して最安値が表示された時に予約しました。同じ時間帯でも予約時間によって価格の振れが激しく、80ドル〜120ドルの範囲との印象です。イエローキャブと大差はないかもしれませんが、チップが含まれているので気が楽です。

こんにちは。

深夜JFK到着便を予定されているのですね。
私も以前幼児連れで夜にマンハッタンまで移動した事があるので、心配されるお気持ちよく分かります。

さて、ご質問事項ですが、Uberなど呼ぶのではなく、空港にいる普通のタクシー（イエローキャブ）を利用することをお勧めします。タクシー乗り場では係の人がコントロールしていて、金額も一律に決まっているので安心です。
以下のHPに詳しく記載されているので、参考にされたらいいかと思います。
https://mikissh.com/diary/how-to-get-to-manhattan-from-airports/

ターミナルによってタクシー乗り場までの距離が異なりますが、ターミナル７（ANA等）だと入国手続き終了後の出口から右に曲がって1分以内。ターミナル１（JAL等）でも出口から5分程でタクシー乗り場があります。https://www.ana.co.jp/en/jp/guide/prepare/airport-guide/international/jfk.html（例ターミナル7)

余談ですが、アメリカでは空港内のカートが有料（コインかクレカ）なので、荷物が多い場合は心算されていた方がいいかと思います。

以上、ご参考になれば幸いです＾＾