バスであればおそらく一本でいけると思います！
Muniかclipper card を事前に手に入れておくとスムーズです。
アプリもあるのでインストールしておくと良いかもしれません。

SFOは意外と大きいのと、アメリカは一度荷物をピックアップしなければならないと思うので、飛行機が遅延したりするとちょっと心許ないかもしれません。
私はホノルル乗り換えサンフランシスコ終着で、すでにホノルルで入国審査を済ませていたので、SFOに到着してから30分ほどで荷物をピックアップし出口に向かいました。
ちなみにホノルルでの乗り換え時は、入国審査は意外と人が少なくて20分弱ぐらいでした。
ホノルルは日本人が多くくることもあり、観光ではなかったですが、それほど入国審査は厳しくなかったです。渡井が滞在する地域の話もしてくれました。
ただ、SFOはかなり厳しいと聞きました。ホノルル乗り換えで幸運だったとまで言われましたw
また、入国審査後ですが、再度保安場を通る必要があり、ホノルルでは1時間〜1時間半ほど並びましたw
ホノルルの空港なので参考になるかわかりませんが、少しでもお役に立てば！

サンフランシスコの観光と考えるとユニオンシティ、マリーナ地区辺りが良いのかなと思います。
空港近くでお探しの場合は、San Mateo、Foster Cityは比較的治安が良いです。

テンダーロイン、イーストパロアルト、サウスサンフランシスコあたりはあまり治安が良くないので避けたほうがよいです。
その他、又聞き情報で恐縮ですが、目安として、5thAve以降の通りは治安があまりよくない（数字が大きくなるにしたがって治安が悪くなる傾向あり）と聞いたことがあります。