せっかくの旅行でお困りのことと思います。私の妻もこちらの水に慣れるまで、1か月以上、胃腸の調子が悪く苦労していました。私も胃腸が弱くその傾向が強いのですが、インドなどの出張が多く以前から出張開始前からビオフェルミン等の整腸剤を飲みはじめて準備する癖がついていたのでオーストリアに来てからも軟着陸できました。妻に、持ってきていた整腸剤を飲み続けるてもらうと、若干なりとも緩和したようです。医者でもなんでもないので責任は全く取れないですが、antibiophilus　と言った整腸剤をApotheke で買うのもどうでしょうか？牛乳とかヨーグルトに弱い人にはあまり良くなさそうですが。

新参者でどこまで役に立てるかわからないですが、日曜日の昼に実際に駅に行って見てきました。
はじめに Český Krumlov にいくバスがあると知らなかったので、どこにバス停があるのか？と調べたらバスセンターの中ではなさそうです。駅のfloor level(1階)から外に出て正面の公園を噴水の方向に突き抜けて大きな道の交差点を渡ったビルのところの
wissenstrum stand2 https://maps.app.goo.gl/EPpYFfVzZ31pD6Yp6?g_st=com.google.maps.preview.copy
という小さなバス停にflixbusの文字がありました。バス停はしっかり確認された方が良さそうです。心配になってflixbusのサイトを見ると
Industriezeile (Industriezeile 84)
https://maps.app.goo.gl/ABoe8VpRxLVvNk2V9?g_st=com.google.maps.preview.copy
出発のバスもあるようで、こちらは駅から遠いです。よくご自分のチケットを確認してください。Industriezeile出発だったら駅からタクシーを使うことをおすすめします。バスでも行けますが、時間がない時は焦ると思いますの問題が起こると致命的になります。
Wissenstrumのバス停はlinz駅の正面なのでそれほど危険ではないとは思います。待合室は見当たりませんでした。そばに屋台のカフェがあるようですが朝に開いているかわかりませんでした。それとは別のバスセンター側には行かない方がいいと思います。ホームレスが多いのでちょっと怖さを感じるかもしれません。
時間を潰すなら駅の中のマクドナルドが良さそうです。朝(5:30？)早くから開いていると思います。マクドナルドの前にインフォメーションがあるのでそこでバス停位置を確認することをお勧めします。なおマクドナルドは地下にあり、列車を降りて地下道をとってきたらマクドナルドの階です。バス停に向かうには駅の外に出る必要があり、マクドナルド階から上に上がってください、駅の真ん中に階段とエスカレーターがあるのですぐにわかります。あと、トイレは有料なので小銭持っておいた方が良いですよ。
9月半ばの洪水以降、列車のダイヤが乱れているようなので時間は余裕を持つことに越したことはありません。また、オーストリアやリンツは比較的安全な国ですが、列車内での置引事件やスリもよく話を聞くので気をつけてくださいね。
では、不安も含めて旅行を楽しんでくださいね。