回答が遅くなり、すみません。
もし、車の運転をされるのなら、レンタカーがてっとり早いと思いますが、
交通機関を利用する場合は、長距離バスをご利用になるのが一番だと思います。
まず、VeneziaからEurolineという長距離バスでLjubljanaまで行き、そこから電車でKranjに行き、そこからバスかタクシーでBled Lakeまで向かう方法が良さそうです。
Eurolineのホームページです。

http://www.eurolines.it

ご参考までに…。

ご結婚、おめでとうございます。
この時期、ローマで旬の食べ物は、アーティチョークやプンタレッレ、そら豆、グリーンピースなどです。アンテョビとニンニク、オリーブオイル、ビネガーで和えたプンタレッレは日本では滅多に手に入らない野菜だと思うので、オススメです。また、イタリア人はワインをぐびぐびいきながら生のそら豆を食べます。ペコリーノチーズと合わせて食べるのが一般的です。
ローマのユダヤ人地区、ゲットーにあるレストランなら、大抵どこでも味わうことができると思います。
食べ物のお土産だったら、オスティエンセ駅の隣にあるEatalyがオススメです。
イートインスペースもあるので、食事もOkです。
ハネムーンだったら、ミルヴィオ橋に南京錠をつけて愛の絆を深めるってのはいかがですか？

通常バチカン美術館に入るためには長蛇の列に並ばなければならないのですが、Webで美術館入場時間を早朝か午後に予約すれば、半日市内観光、半日バチカン美術館というのは可能です。市内観光も、トレビの泉やスペイン階段、パンテオン、ナヴォナ広場、コロッセオなど地図で効率的にまわれば大抵の主要モニュメントは半日で制覇できます。マイバスなどオプションツアーを利用しても良いと思いますよ。

ちなみに、バチカン美術館のサイトです。

http://www.museivaticani.va/

ローマ在住18年の日本人です。以前仕事でローマ情報を書く仕事の経験もあります。
車もあるので、郊外への取材なども可能です。
ブログ記事のお仕事にとても興味があるので、詳細をお知らせください。

ローマの街は、最近テロを警戒して地下鉄や主要観光地など警備が強化されています。今のところ、イタリアではフランスやベルギー、ドイツのような惨劇はありませんが、油断は出来ません。でも、一般市民は普通に生活していますし、毎日観光客もたくさん訪れています。どこが危険でどこが大丈夫なのかも分かりませんし、テロを警戒して一般のイタリア人が何かをしているということもありません。イタリアでテロが起きれば変わるのかもしれませんが、今のところ、イタリア軍などによる警備強化の他に大きく変わった動きはありません。