プラハからドレスデン行きの2等車に乗ったことがあります。
ヨーロッパによくある通路と席が仕切られている個室タイプで3:3で向かい合う席だったと思います。個室だけど合席の可能性ありです。
1等車は日本でいうグリーン車みたいなものだと思います。コスト比較してリッチかソコソコか、どちらかで選んでもらえればよいと思います。

プラハ中心部の夜ということであれば、過剰に警戒する必要はないと思います。旧市街広場やヴァーツラフ広場周辺なら深夜に若い女性が歩いていても違和感はありません。
ただ、日本にいるのと同様に絶対安全ということはどこの世界でもありえないので、ゆりさんが書いていらっしゃるように、ひと気のない通りは避けるなどの普通の用心をしていただくのがよいと思います。
細い路地は思わず歩いてみたくなりますよね。プラハの場合細い路地でもけっこう人が歩いてますので、迷宮探索してみるのも一興ではないでしょうか。
オプショナルツアーは、短い時間で効率的にまわるには非常に有効ですよね。値段と相談して、それもありだとは思いますが、プラハで何をしたいかをよく考えて決定していただければと思います。
英語は中学生レベルで充分ですよ。伝えたいことを簡単な言葉ではっきりと伝えましょう。

それでは、プラハでの楽しい滞在と、安全な旅を心よりお祈りしています。