アムステルダムに戻るのであれば21時少し前まで電車の便もあるので、早めにレストランで夕食にすればそれなりにゆっくりできるのではないでしょうか。せっかくなのでベルギーの美味を堪能していってほしいなーと個人的には思います。
そして1日あればブリュッセルの主要な観光とワッフルもチョコレートも（胃袋次第ですが）クリアできると思いますし楽しめますのでご安心ください。

こんにちは。

車であれば、強行軍にはなるかと思いますが、バストーニュとダンケルク両方の博物館を一日かけて日帰りすることは可能だと思います。
バストーニュもダンケルクも電車で行く場合は、一か所のみなら日帰り可能です。

なおブリュッセルからダンケルクに電車で行く場合は、De Panne（ドパンヌ）というベルギー側の国境の町まで電車で行き、予めタクシーを予約しておいてタクシーでダンケルクまで行く方が安いし早いと思います。

お勧めの軍事博物館としては、Ostende(オステンド）というベルギーの海岸部にある町のAtlantikwall Raversydeに一度行きましたが、リアルで良かったです。
もしこちらも行かれる場合は、ダンケルクとまとめて1日で回れると思います。

ご案内に関しましては個別にお問い合わせいただけますと幸いです。

アンヘルムではなくアルンヘム(Arnhem）ですか？
それなら、Brussels→Breda（乗り換え）、Breda→Arnhemという経路がありますよ。
掛かる時間はアムステルダム経由で行くのと20分以内の差しかなく、値段は2等車なら21.5€です（アムス経由だと3倍くらい）。
チケットを買う時はブリュッセルーアルンヘム（片道）、アルンヘム―アムステルダム（片道）になると思います。