KLIAトランジット

預入荷物をスルー（自動乗り継ぎ）できるかで入国するか決まります。

預入荷物をスルーできるならトランスファーカウンターで対応可能です。

マレーシア7年目のマロジンです。

ご質問の意味がよく理解できませんが…

KLIAトランジットという言葉は、鉄道の普通電車の意味？
KLエクスプレスは、特急電車
KLIAトランジットは、普通電車
クアラルンプール市内に行って一晩明かして翌日KLIA2に行くと言う意味ではないですよね。

トランジットがKLIA2からKLIA2 なら荷物を航空機に預けないなら（機内手荷物のみ）ならトランジットエリアで乗り換えは出来ます。
また同一航空会社ならスルーで荷物を預けられるのでトランジットエリアで乗り換えは出来ます。
しかし航空会社が違う場合は、一旦イミグレを通り預け入れ荷物を引き取って再度チェックインすることになると思います。

国内に入る時は、Malaysia Digital Arrival Card（MDAC）をネット経由で入力する必要があります。

言葉がよく分からないので要を得ない回答ですみません。

インドネシアからインドまで同じアライアンス加盟航空会社での通しでのチケットですあれば､ インドネシアからインドまでボーディングパスも預け入れ荷物も通しになるかと。
もし､インドネシアからクアラルンプールのフライトとクアラルンプールからインドへのフライトが別切りで2枚のチケットになっているとすれば､通常インドネシアからインドまでの通しでのボーディングパスは出ないと思います。
預け入れ荷物も区間毎になるはずですので､ クアラルンプールで入国､ 通関後改めてチェックインと荷物の預け入れの手続きが必要になるかと思います。
詳しくは航空券を手配された旅行代理店または運行航空会社へ直接ご確認されるのがベストです。

基本航空会社が異なる場合、一度、入国する必要はあるかと思います。