現在、ジョホール州(セナイ空港)への日本からの直行便はありません。

現地に知り合いがいない方、または言語(英語or中国語orマレー語)ができない方には決してお勧めしませんが、陸路での到着手段をロコが行うとこんな感じです。ここではタクシー利用については割愛させていただきます。
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①シンガポールから
シンガポールの出国審査をWoodland(ウッドランド)にて行った場合、ローカルバス(２リンギ程)に乗って橋を渡ると、マレーシア側のジョホール・バル・チェックボイント(CIQ)に着きます。そこでマレーシアの入国スタンプを押されるのです。そこを出ると、シティ・スクエアと呼ばれるショッピングセンターに繋がっているので、そのまま歩いて行けます。ですからシンガポール側からの入国をする際は、まず『ジョホール・バルのシティ・スクエア』を目指しましょう。そのシティ・スクエアの外(地上1階)からローカル線バスが各地へと出ています。呼び込みがうるさいですが、目的地の地名を書いたバスを見つけて、運転士に料金を払い、席に座ります、というか座れたらラッキー。

②クアラルンプールから
(1)KLIA2からLarkin(ラーキン) バスステーションへ行く場合
KLIA 2モールのレベル1に降りて行くと、バスのチケット売場&乗り場があります。ジョホール州の一番大きなバスステーションであるラーキンまでのチケットは59リンギット(2018年1月時点)、所要時間は約5時間でした。1~2時間に一本しかないので、待ち時間も計算に入れましょう。ラーキンに着いても、やはり呼び込みがうるさいですが、目的地の地名を書いたバスを見つけて、料金を払いつつ、乗り込みましょう。
ちなみに、KLIA 2からはPontianやTun Aminahへ直行で行くバスも出ています。

(2)TBSからジョホール各地へ
クアラルンプールから南に下る場合、一番本数が多くて大きなバスステーションはTBS(Terminal Bersepadu Selatan)です。KLIA2からもTBSへ行くバスはあります。もちろんTBSからラーキンへと直行で行くこともできます(料金は35リンギットぐらい、所要時間4時間半程)。しかし、ジョホール・バルではない、他の都市に行きたい場合、TBSからだと大抵の都市へのバスが出ているので、選択肢が多いと言えるでしょう。
ちなみに、TBSはKTM(マレーシア鉄道)の駅とも繋がっていて便利ではありますが、KTMでジョホールに向かう場合、本数も少なく(一日1～2本)、乗り換えが不便なため、お勧めしません。