フランクフルト中央駅からケルン中央駅までの料金体系を含む仕組みについて

先日フランクフルト在住の皆様に質問をさせていただいた内容に関しまして沢山の方々から様々のアドバイスをいただいた事に対しまして御礼を申し上げます。
今回の旅行では全てのドイツ鉄道で利用できるはずのジャーマンレイルパスを利用しようと思っているのですが、本当に全ての列車に利用できるのかどうか調べている内に不安になってきました。
その理由は以下の理由からです。　調べているサイトは「ドイツ鉄道案内　レイルヨーロッパ（公式）」です。
（１）フランクフルト中央駅　12:29発　　ケルン中央駅　13:33着（直行便）
（２）フランクフルト中央駅　13:29発　　ケルン中央駅　14:33着（直行便）　　　　
上記（１）の９月上旬の土曜・日曜の料金は23,600円、金曜は9,800円、月曜は6,300円
上記（２）の９月上旬の土曜・日曜の料金は 6,300円、金曜は13,800円、月曜は8,800円

なぜ上記の様に曜日（又は日程）によって料金が異なるのか、又どの便でもジャーマンレイルパスを利用する事が可能なのか、非常に不安に思っています。
フランクフルト在住の皆様ならある程度ご存知かと思い再度質問コーナーを利用させて頂きます。
よろしくお願いいたします。