コインブラからポルトまでのバス

chakiyos_さん、
旅の支度を着々と進めておられるようですね ^_^
市内に近いのはRede Expressosのターミナルです。Flix BusはRede Expressosのバスターミナルと国鉄のコインブラB駅の間にあり、自動車がぶんぶん飛んでくる幅の広い道路を渡らなければいけない箇所が多いので、タクシーで向かうのが無難な場所です。(REのターミナルも、荷物の大きさ次第ではタクシーまたはバス利用がお薦めです)。
バス料金は、割引が適用される座席の料金が表示されているに過ぎないので、正規の料金だけを比較すると、Rede Expressosのほうが高いです。ただ、割引料金を比較すると、たしかにFlixBusのほうが高いこともあります。ケース・バイ・ケース。なので、時間割でバスを選ぶのをお薦めします。
日曜日は11月のコインブラの場合、日により、または時間帯によって状況が異なります。今年は死者を祈念する日が日曜日にあたるため、渋滞にはならないものの、タクシーが捕まりにくい可能性があります。また各日曜日、午後は学生たちがコインブラへ戻ってくるので、やはりタクシー、特にUberは混み合っているのと、多少の渋滞も想定したほうがいいと思います。高速道路に上がってしまえばあとはスムーズに移動できると思います。
蛇足ですが、11月はさほど寒くはありません。いわゆるインディアン・サマーがぶり返して汗ばむような日もあります。私は東京出身ですが、東京の11月と大差ないと思っております。本当に寒いのは朝夕だけで、あとは長袖の軽装で過ごせます。折り畳みの傘などはどうぞお忘れなきよう。秋のポルトガルも、日本ほどではありませんが、バラや蔦、カエデなどが紅葉し、木々の彩が美しい風景をお楽しみください。
よい旅になりますように。