マルコポーロ空港での搭乗手続きについて

はじめまして。質問の機能を初めて利用させて頂きます。
今、マルコポーロ空港にいます。
11:15発ローマ空港行き→乗り換え→東京羽田
全日空のコードシェア便でITA airwaysです。
インフォーメーションカウンターで、35番ゲートで2時間前に手続きをするように、言われました。
日本で旅行代理店で往復航空券を予約した際、行きは座席指定できるが、帰りの座席指定は当日空港でするように言われています。eチケット控えはあり、予約もOKになっています。
見たおころ35番のカウンターは、スーツケースを預ける場所のような雰囲気なのですが、このカウンターで搭乗券は発券されますでしょうか？
教えて頂ければ幸いです。よろしくお願いいたします。