メディナに荷物預かりをしているところはあるのでしょうか？

私が知る範囲では、ホテルに宿泊するのであれば、チェックアウトしてからも荷物だけは、預けることはできます。

ただホテルを利用しないということであれば、ハラマイン鉄道の駅構内にSPL というカウンターがあり、そこから大きな荷物は電車内に持ち運べないので別送でジェッダに送らなければならないようです。

そうなるとSPL に荷物を預ける手続きをして、また市内観光をして、終わったらまたハラマイン鉄道駅に行かなければならないという２重の手間が、かかってしまいますが。

メディナとジェッダを結ぶハラマイン鉄道は、あらかじめオンライン予約をしておくと、当日カウンターからチケットを購入するよりも安く購入できるようです。

Juriasさん、非ムスリムの方は、預言者のモスク(通称ナバウイと呼ばれている)から遠く離れているハラマイン鉄道の近くのホテルに宿泊すれば問題ないようですよ。