日本人スタッフのいるダイビングショップ

早速ですが、現地在住のダイビング免許保持者としてご回答しますね。

日本人インストラクターがいるダイビングショップは、ありません。
過去にインターンで日本の大学生が働いていた事がありますが、基本的に日本人は働いておりません。

日本人を受け入れてくれるダイビングショップは、あります。
基本的に全て英語にはなりますが、どこのダイビングショップも受け入れてくれるでしょう。

どうしても日本語がないと不安だと言う方らからラーメン屋の飲食店で働く日本人の私達に、「一緒に潜って欲しい」との依頼も過去にありましたよ。

ハイシーズンはダイビングを筆頭にマリンスポーツは予約が取りにくいので、マルタ行きが決まったらすぐに予約をする事をお勧めします。

楽しい旅になるといいですね。