こんにちは！マニラ在住4年のシロコといいます。
夜中出歩いたことがあまりないので1はあまり参考にならないと思いますが、ホテルはどのあたりでしょうか？
もしホテルがなければ韓国や日本のお風呂やさんが深夜もやっているので安く休憩などに使えて便利です。

殆どのモールも22時くらいにしまってしまいますが、飲み屋街のマカティリトル東京付近などは夜中まで空いているのでその辺りで飲むなど良いかもしれません。ただ、少し治安が悪いので最小限の荷物で過ごすことをオススメします。興味があればこちら店名などもお調べします。

②のグリーンヒルズですが、残念ながら開店が10:00amです。12:50だと11時には空港についてないと、と考えるとグリーンヒルズから空港まで移動に1時間半程かかるので厳しいかなぁと思います。