マレーシアに在住している者です。
私も女性1人で深夜にGrabを使っていますが、今まで一度も問題は起きておらず、安全です。
車内で目的地に到着するまで寝ることもあります。

ご心配の場合は、星5つのドライバーを選択されると良いかもしれません。
(高速道路を使うと追加料金は取られます。)

また、タクシーはぼったくりされることが多いため、Grabやエアアジアのアプリを利用されることをおすすめします。