ご存知とは思いますが、
Academy of science museum
Explotorium
Discovery Museum
などは有名どころです。
お役に立てたかわかりませんが。。。

はじめまして。
ケーブルカーに乗るのは、ドアがないので日本の乗物と違うのでお子さんは好きだと思います。
子供を連れてお勧めできるのは、
＊アカデミーオフサイエンスミュージアム
＊エクスプロトリアム
この二つは半日くらいかかるくらい楽しめます。
因にケーブルカーでフィッシャーマンズワーフへ行けるので、行かれたらいいかもしれません。
（ミュニバスの乗車券は確か数時間有効ですので、紙切れですが捨てない方がいいです。それと大抵おつりはくれないので、ぴったり持って行かないと乗せてくれない事があります）
それと、サンフランシスコの主な観光地を回ってくれる、２階建てバスがよく走っています。あれは多分、乗り降り自由ですので、それに乗ってゴールデンゲートブリッジを渡るのも楽しいかもしれませんね。色々な会社が運営していますので、どのバスにするかは調べた方がいいです。

因に、サンフランシスコの気候はとても変わり易く、というか、場所によってもの凄く寒かったり霧が濃かったりするので、必ずジャケットを持参された方がいいです。特にゴールデンゲートブリッジを渡る時は夏と思わない方がいいですよ。