こんにちは！
先ず
1について　ドゥブロブニクの空港に行かれた方が良いかと思います。南から北に行った方が時間のムダがないですね。
2ドゥブロブニクに1泊、バスでスプリットに移動。スプリットの観光をして、できれば、ローカルバスでトロギールまで移動して観光。スプリットに戻り1泊.
翌日プリトブィツェ国立公園ですが、ここは、少し高くなりますが、車をチャーターした方が良いかと思います。
観光される時期にもよりますが混雑してバスに乗るのも、チケットをとるのも一苦労です。特に来年は中国の方達がビザなしで入国出来るのでは？ということで、例年より混雑することが予想されます。
レンタカーという方法もありますね。
ただ国立公園ではやはりパーキングを探すのに一苦労すると思います。
ザグレブに移動して観光、1泊
翌日ザグレブ空港に移動がスムーズです。
3.鉄道は発達していません。移動手段としては、使用は不可です。そのかわり高速バス、ローカルバスが充実していますので利用されると便利です。
時刻表もすぐに調べれば
分かります。プリトブィツェ国立公園の所だけ公共交通機関が難しいので、車をチャーターをしてザグレブまで送迎してもらうとよいでしょうね。
4.上記から検討しますと、ザグレブ空港からヴェネッイアに移動されるとムダがないです。
何月頃？というのが非常に重要なポイントです。7.8.月ですとヨーロッパ人のバカンスが始まっていてホテルをとるにも苦労しますし、高額です。5月終わりから6月中旬までにされると、ハイシーズンのような混雑ではないと思います。
何かございましたら気軽にご質問くださいませ。