こんにちは！
クラーク美術館は大変素晴らしく、何度でも訪れて楽しい場所ですが、確かにアクセスが悪いです。
公共交通機関で行くことが難しく、レンタカー(もしくはどなたかの車で連れて行ってもらう)しか方法はありません。
また、ボストンから日帰りとなると片道が３時間ほどかかるので、ゆっくり見るには時間が足りないと思います。
可能であれば前日に移動して、途中、エリック・カール美術館などを訪れ、近辺に宿泊して、朝から美術館をゆっくり見て、夕方にボストンに帰るプランをお勧めします。