私は空港と中央駅の区間に100回くらい乗車しています(早朝から夜遅くまで)が、危険な経験をしたことは一度もありません。
街中で夜あまり近寄らない方が良い場所はありますがフランクフルト空港-中央駅間の電車への乗車は問題ないと思います。