kaho36様、
メルボルンへ旅行されるのですね。
いつ頃来られるのでしょうか？
フィリップ島まで公共の交通手段はあると思いますがあまり便が良くないですので移動手段としては考慮されない方が良いと思います。個人タクシーを使うという手はありますが高額です。
ペンギンのパレードは日没と共に始まるので夏の間ですと9時頃に日が沈みます。ペンギンが海から上がるのが9時頃としてパレードを見終わるのが10時前後、そしてペンギンパレードの場所からメルボルン空港までは2時間半位はかかりますので0時45分発の飛行機にはどうしても間に合わない、という事になります。

メルボルンの市内で夜を楽しむのであれば
―　Eureka　Skydeckという展望ビル、もしくはMelbourne starと呼ばれる観覧車からの夜景を楽しむ
―　ジャズクラブやバー等で音楽を楽しむ。
ー　南半球最大と言われるクラウンカジノで遊ぶ
ー　水曜日の夜であればクイーンビクトリアマーケットでナイトマーケットが催されるので食事と買い物を楽しむ
ー　夏の間ですと夜の野外コンサート等（一部無料）があります。日にちが合えばそういうイベントに行ってみる

メルボルン市内から空港まではスカイバスやタクシーで20分程度ですので割と夜遅くまで楽しめると思います。

楽しい旅になると良いですね。