オーストラリア在住で14歳の息子がいます。
小学生以上の男の子が女子トイレに入ってきているのを見たことがないような気がしまし、息子も幼稚園卒業くらいから男子トイレを使っていた記憶があります。
ご心配な場合は、ほとんどの公衆トイレ（ショッピングモールや公園等）には車いす用トイレがありますのでそちらをご一緒に使われてはいかがですか？車いす用や子供と一緒に入れるトイレは男女の決まりがありませんので。
楽しい旅行になるといいですね。