初めまして。
ダバオで日本語の学校なら以下の一択になります。
https://www.pnjkis.edu.ph/ja/
ただ私の友人も子供をそこに通わせていましたが、日本と同じ教育レベルは期待できません。
それでも子どもをのびのび育てるということを主眼にされるのならよい選択肢です。
学力が心配ということなら今の時代オンラインで様々な教育を受けられますので、いずれ検討されてもよいかもしれませんが、余計なお世話ですね。。。
ご参考になれば幸いです。

私が知っているのは、パラダイスビーチというところです。
普段はダバオ市内から日帰りで利用していますが、宿泊施設も中にあります。
ビーチもキレイでスタッフもよく教育されているので安心感があります。
ビーチの食堂も美味しく、フィリピンの食事を楽しめます。
私は利用したことありませんが、バナナボートなどのアクティビティを見たことがありますし、
スキューバなども看板は中にありました。
ビーチの入場料が１日200ペソ、約410円程度で比較的リーズナブルかなと思います。
何かお手伝いできることありましたらまたご連絡ください。

1:40のマニラでしたら、空港から出ないほうが無難に思います。特に女性でしたら。私でしたら多分出ないです。セブパシフィック航空でしたら、空港内で500ペソ(約千円)で滞在できるカプセルホテル的なスペースがあると聞いていますので、利用を検討されてはいかがでしょうか？
どうしてもホテルがよければ、Oyster Plaza Hotelという空港からタクシーで20分ほどのところにあるホテルは、日本のビジネスホテル的な感覚で泊まれますので個人的にはお勧めです。（もちろん日本並みのきれいさはありません）

ビーチということですが、私はダバオ市在住ですので、ここのことしか分かりませんが、ダバオの南東側にある大きなサマール島は海のきれいなところです。空港からタクシーで15分くらいのところから船で渡ると、白い砂浜のある有料(約400円)のビーチ、paradise beachというのがございます。一日静かにゆっくり過ごすにはよいところです。コテージも隣接しています。
また、ダバオ市の真ん中よりの港から、貸し切りの船でサマール島周辺に出かけるアイランドホッピングもお勧めです。20人くらい乗れる船で1万円しないくらいで貸し切れますので、もしご友人と一緒でしたらよろしいかと。
その他ご質問あればなんなりと。