まずサンノゼ空港からAirport Flyerを見つけて乗ります。確か空港を出てちょっと右寄りに道を渡ったところにそのタクシーの停留場があったような記憶がありますが、わからなかったら空港に戻って受付の人に聞いたらいいと思います。そのタクシーを終点「Santa Clara Transit Center」まで乗ります。運賃代は確か無料です。地図はhttp://www.vta.org/routes/rt10　でどうぞ。

次にCaltrainという電車に乗ります。電車は午前中でしたら1時間に一本しか出てないのでですが、乗客が少ないので仕方がないです。切符は機械で買うのですが、下車するZoneで切符の値段が決められます。http://www.caltrain.com/stations/systemmap.htmlを参照してください。例の「Santa Clara Transit Center」は「Zone 4」です。

質問者さんがサンフランシスコのホテルで泊まる予定なので、ここでどこの駅で下車すればいいのか、事前に調べる必要があります。もし下町であれば途中でSan Bruno駅で降りて「Bart」に乗り換えるべきでしょう。路面図はこちらですhttps://www.bart.gov/system-map

説明が分かりにくかったらすみません。やっぱり大変ですね。

最近この辺りでuberというサービスが流行ってます。私は利用したことがありませんが、調べておくのも良いでしょう。