Cal Trainで行くのが一番安いですが、近くのSanta Clara駅へSJC飛行場から無料のシャトルバスが出ています。そこからCal Trainで、約1時間半程度で、サンフランシスコのダウンタウンに着きます。ホテルへはそこからタクシーかUberになるかと思います。
本音を言えば、乗り換えや大変長い時間がかかるので、安く上がりますが、あまりおすすめできません。お金はかかりますが、SJCからUBERで直接サンフランシスコのホテルに行くのがいいと思います。大体＄100ー120プラスTip 10％ほどです。
SFO（San Francisco International Airport)の方がサンフランシスコには近いですしBARTという地下鉄に乗ればSan Franciscoのダウンタウン中心部に乗り入れられます。UBERでも＄40程度です。
UBERは本当に便利ですので、あらかじめダウンロードしてCredit Cardの番号を入れておくと良いと思います。

朝・夜は7ー10C、昼間は14-20C程度かと。軽いダウンやフリースが重宝します。サンフランは意外とシリコンバレーよりも冬は暖かいです。

１：その家を持っているオーナー次第ですので、Xmas後１週間くらいが確実かと思います。New Yearまでそのままの人もいらっしゃると思います。毎年サンノゼのダウンタウンでも12月に入ると大規模なホリディ・イルミネーションが始まり、週末は賑わいます。　２：通行止めは普通はないと思いますが、ローカルな道なので、101よりも、かなり時間がかかると思います。ゆっくり見たい場所以外は101がおすすめです。