はじめまして、
Johns Hopkins Universityの博士課程に在籍している者です。
ボルチモアに来て5年目になります。
まず宿についてですが、Holiday Inn Express: Baltimore-Downtownは北側、東側に怪しいエリアがあるのでホテルから南、西に行くように心がければ大丈夫だと思います。夜は結構暗くなって怖いエリアなので、夜はUberを使うなどするといいと思います。日中は普通に歩いて大丈夫だと思います。

ワシントンにはPenn stationからMARC trainでUnion Stationに行くのが良いと思います。Amtrakでも良いのですがMARCの方が安いです。MARCもAmtrakも安心して利用できます。地下鉄はだいぶ治安が悪いので使わないといいと思います。公共バスは危険ということもないのですが、少し空気が悪いのでUberが使えるのであればUberを使ってしまっていいのではないかと思います。

エリアについてですが、ざっくりと港付近・Homewood campus付近は安全、St. Paul street、N. Charles street沿いは基本的に安全、これら２本の道から東西に離れるほど治安が悪くなってくると思っていただければ良いと思います。