こんにちはメルボルン在住26－27年位の者です。簡単にわかることだけお答えします。具体的な質問になれば調べることも可能です。なおシドニーは人生で数回しか行ったことがないのでお答えできません。ごめんなさい。

蒸気機関車というのはPuffin Billyですかね。これはダンデノンレンジのほうなので電車やバスで行くことも可能です。グレートオーシャンロードは遠いので一日ツアーになります。2日しかないのならどちらかにして、もう一日はCity内観光にしたほうが良いと思います。バラはロイヤルボタニックガーデンが良いのではないでしょうか。Cityから近いです。一度行きましたが綺麗でした。

ツアーは英語が出来るならどこも同じかと思います。値段の差は含まれるものの差であることが多いです。（立ち寄る場所の数や食事など）日本人ガイド付きを選べる会社は見たことがないので、ガイドが必要な場合はそういうツアーを日本で予約するほうが良いです。バスガイドの説明を日本語で聞ける機器付のツアーもありましたが。キャンセルポリシーは確認したほうが良いです。

City内のホテルならどこもベッドが二つの部屋やバスタブがある部屋を備えているはずです。安宿はトイレやバスが共用だったりするのでバスタブは無い可能性が高いです。バックパッカー向けの相部屋ではない安宿もあります。一般的なホテルは日本と同じと私は思います。

デイツアーを使うならCity内のそこそこ有名どころのホテルに泊まるほうが良いです。なぜならグループツアーのバスはそういうホテルを回って送迎してくれることが多いからです。安宿やアパートメントタイプ等だと自分でピックアップ場所を確認し、帰りはどこで降りたいと運転手に言う必要があったりします。

メルボルン中心部に周回バスはありません。City中心部のトラムは無料なのでこれを利用して移動すると良いです。City内の電車は慣れないと混乱するので短期滞在にはお勧めしません。無料ゾーンを超えると有料になるので事前に確認するほうが良いです。"Melbourne Free Tram zone"で検索するとPDFファイルが出てきます。

メルボルンとシドニーは切符のシステムが違います。シドニーは日本のように区間単位の料金、メルボルンは2時間と1日料金の2種類です。電車、バス、トラム全部に乗れます。メルボルンはMykiというICカードシステムで、このカードを買わないといけません。モバイル版もあります。https://www.ptv.vic.gov.au/tickets/myki/mobile-myki/
シドニーは全く別システムなので両州で共通のICカードはありません。

Flinders St Station周辺は特に治安が悪いということはありません。駅の側に立ち止まっていることがないので常識範囲の安全意識（大阪市内とか）で十分だと思います。危険な地域はSt Kilda、Dandenong、Frankston、Cityの北部ならFootscrayやCollingwoodなど色々ありますが旅行者は行くことはないので問題ないと思います。勿論日本のようにスマホや荷物をテーブルに置いたままカウンターに支払いに行く、夜遅くで歩くなどはしないほうが良いです。イタリアのようにサービスを押し付けてくるみたいなのはありません。

メルボルンはオーストラリア一番のコーヒー狂いの町なのでディカフのコーヒーが無いカフェは無いと思います。個人的に和食は特にお勧めは無い気がします。一般家庭で作ってる程度の料理が結構な値段で出されてる印象です。私の個人的意見ですが。オーストラリア的経験をするなら昼等はパブの料理等どうでしょうか。バーガーもチップスもチキンパーマもリーズナブルな値段で美味しいです。安い店はFlinders通りぞいに色々あります。メルボルンセントラルにも色々あります。お値段高めの高級な雰囲気はサウスバンクのほうです。オントレだけで20ドル超えるような店が並んでいます。高級ステーキハウスが希望ならCityにあるので場所を聞いておきます。

空港到着はメルボルンーシドニー間が国内線なら2時間前、国際線扱いなら3時間前はあったほうが良いです。スクールホリデーの時期等は凄く空港が混むので早めのほうが良いです。サザンクロス駅から空港バスで20分くらいです。バスのチケットはオンラインで買えるので事前に買っておくことをお勧めします。現在は往復で40ドルくらいのはずです。