もうすでにどなたかの回答があったかとは思いますが、マニラ行きのフライトが定時15：50着であれば、17：55発のフライトにはぎり間に合うと思います。到着と出発が同じターミナルですし、16：30にはチェックインカウンターにたどり着けると思います。国内線であれば、自分の経験では2時間前を過ぎてもチェックイン受け付けてもらえるはずです。前日までにWEB上でチェックインは済ませておけば、チェックインカウンターでは荷物を預けるだけで済みます。
ただし、フライトはたびたび遅れます。私ならセブ行きはもう少し後の時間のものにします。同会社のセブ行きは1時間に1便くらいあり、次のフライト19：30頃あるいはさらにその次の20：30頃にもあります。こちらにすれば多少マニラ到着が遅れても大丈夫です。マニラ発セブ行のフライトを変更することを強くお勧めします。