マレーシア7年居住者の日本人です。
ご心配される事は重々理解できます。
私もその辺は赴任前に気になっておりました。
ただ、マレーシアは他のアジア諸国に比べれば比較的に住みやすい国になるかと思いますので具体的エリアのペナン、マラッカ 、クアラルンプール、ジョホーバル等をみても居住する上ではそこまで心配ないかと思います。

さて、ご懸念されているマラッカ エリアですが、私も住んだ事がなく数回日帰りで行った事ぐらいしかないのでわからないですが、危ないと言うこともないでしょうし、住みにくい事もないかと思います。

ただ、日本人学校もなく、インターナショナルスクールも選択肢が少なく先生の質もクアラルンプール に比べると低いと思われます。

また、ローカル色が強いので英語もあまり使えないケースが多いなど、多少不便ではあると思います。グラブが捕まるでしょうが、車があった方が便利には違いないと思います。

私が知る限りでは家族での赴任の方は奥様とお子さんだけモントキアラ (クアラルンプール )に住まわせ、旦那さんだけマラッカ に住み、週末だけクアラルンプール でご家族で過ごされる方がほとんどでした。

渋滞があっても2-3時間の片道ですし、
車で飛ばしてスムーズでしたら1時間半なので、何かあっても2、3時間で戻って来れる距離ですので平日は寂しくはなりますが、現実性を考慮し、利便性や快適さやお子様の学校のオプションを考慮すると旦那様には現地から週末通い、またはリモートワークを駆使してマラッカ ホテル滞在などの組み合わせなどが、現実的かなと思われます

参考になればと幸いです。
その他何かあればご質問くださいませ。