1等バスでも強盗に合う可能性はありますし、昼間でもバスの強盗は発生します。個人的にはやはり夜行の方が警戒はします。自分も移動は基本的に長距離バスをよく使ってきましたが、現金、カード、身分証は必ず分散＋隠す工夫等して、それなりに準備して乗っています。バジェット的に余裕があるのなら、その距離ならできれば飛行機に乗るのが無難ですね。バス利用するのであれば、一応の対策と、週末移動（交通量多い方が個人的に安心）、2階建バスの2階に席を取る等を検討したうえで決定してみては？

レンタカーの予定ですか？そうでないと想定の上で回答しますと、4泊（実質まる3日＋半日ほど？）の滞在時間でそれら全てに行くには詰め込みすぎになると思います。ソチミルコと図書館は同日中に可能で、テオティワカンは朝早くから行く前提でシティに戻ってこれるのは夕方頃なので、まる1日必要と見ておいた方が無難です。ルイスバラガン建築のリストからは、まずサテリテタワーは省くべきと個人的には思います。歩行者には不向きな立地の上、治安の悪いエリアのため。また、サンクリストバルの厩舎とカプチン修道院礼拝堂に関しても、できれば省くべきと個人的に感じてます。カプチン修道院礼拝堂のあるエリアは一般的に治安良くはないので、周辺ぶらぶらするのを避けてUberでサクッと到着、退散するのであれば旅程に入れても良いかと思います。サン・クリストバルの厩舎に関してはシティ郊外にあるため、こちらもUber移動前提ですが、シティに戻ってくるときにUberが捕まるか疑問です、捕まらないと想像します。なので、バラガン建築はルイス・バラガン邸とヒラルディ邸の2か所に絞るべきと個人的には感じました。気をつけて楽しんできてください。