aomeさん、初めまして。来年バンクーバーにいらっしゃるのですね！
どのくらいの期間滞在予定ですか？一人旅との事なので、もし私の都合がつけば、バンクーバーを案内する事も可能です。

さて本題ですが、水上飛行機って何人かで利用しないと本当に高いですよね。もし一緒に乗ってくれる人を探しているのでしたら、jpcanadaというサイトを見てみるのはいかがでしょうか？
カナダに住んでいる日本人のコミュニティサイトで、よく○○を一緒にしませんか？などの募集を見かけます。それ以外に安く乗る方法は正直に言いますと無いのでは、と思います。
また水上飛行機ではないのですが、Fly Over Canadaというアトラクションですと、バーチャル(3D)ではありますがカナダ西部から東部までを綺麗な映像で楽しむ事ができますよ！乗り物自体が動くので、本当に飛行機でカナダ上空を飛んでる気分になれると評判のようです。

他にも何かございましたら、また遠慮なく質問してくださいね！