ウィーンからチェスキークロムまでバスで約3時間ぐらいで、そこからプラハは２時間ちょっとです。　https://www.flixbus.com/bus-routes/bus-cesky-krumlov-prague
このバス会社はこちらではよく目にします。実際に使ったことがありますが、WIFI、トイレ付きできれいなバスです。　朝早めにウィーンを出発して、数時間チェスキークロムを見て回り、夕方プラハに出発する感じで十分ではないでしょうか。